今まで（これは iBookの例ですが、他のマシンもほぼ同じに統一）こんな感じで使っていました。
 

メニューーバーは、こんな感じ。アップルメニュー拡張ユーティリティー（BeHierarchic）と、メニューーバーにプルダウンメニューを
追加するユーティリティー（Ailias Menu）とで、すべてのアプリケーション、書類にすぐアクセスできるようになっています。
 
 

デスクトップ下部は、こんな感じ。ドラッグ＆ドロップに必要なもののエイリアスをズラッと並べてあります。
 
 

起動ボリュームの第一階層は、常にこれだけ。Application(Mac OS 9)というフォルダも以前はなかったのですが、
OS 9以降、しかたなく置いてあります。

OS Xじゃあ、こうはいかないね。色々なものが勝手に入ってきちゃう。
 
 

アプリケーションを入れてあるフォルダ。 本当は、こうやって分類しておきたいのだが・・・・。

 
 

書類フォルダ。この中で更に仕事別等で分類してある。 中のファイルには、上記メニューーバーのユーティリティーから 簡単にアクセス。 Microsoft ユーザー データ以下は、やはり OS 9以前では 無かったのだが、勝手に出来るので仕方なく置いてある。   ここも、OS Xでは、こうはいかないな・・・。

とりあえず、自分の机、引き出しと同じで、何も考えずとも、必要なものがいつでも（他のことをやっているときでも）
取り出せて使えるようになっていました。
こんな感じで使っていましたから、OS X で使い易いデスクトップを構築するのは、しばらく時間がかかりそう。